Suso del latín sursum significa “arriba”. Juanto a su hermano de Yuso (abajo), Patrimonio de la Humanidad desde 1997.
La iniciación como ermitaño la comenzó San Millán con otro eremita llamado Félix, y con quien estaría tres años en los Riscos de Bilibio próximos a Haro. Tras años de párroco en Berceo, marchó a refugiarse en los montes Distercios o Cogollanos, en las llamadas cuevas de Aidillo, rincón escondido en el que levantaría altares y donde vivió 40 años en soledad.
Rápidamente se le unieron otros clérigos: Aselo, Cotonato, Geroncio, Sofronio, etc., incluso una mujer llamada Potamia, venida de Narbona. Este grupo se iría incrementándo en lo sucesivo.
Cerca del año 550, siendo rey Agila I, excavaron nuevas cuevas, colocadas en dos pisos que estaban unidos por un pozo, donde habitaba Millán. Allí falleció y fue enterrado, supuestamente a la edad de 101 años, en el 574.
Tras la muerte de Millán, en torno a su sepulcro se crea una primera comunidad de presbíteros. Esto significa un primer cambio en el tipo de vida iniciada con el santo: se pasa de la vida eremítica a la vida cenobítica. Ahora hay ya cierta organización, ya se puede hablar de vida en común. Cada eremita vive en su cueva y una vez por semana se reúnen en el nuevo edificio, en el cenobio.
El cenobio original fue construido ya en el siglo VI. En las cuevas se pueden ver sepulcros apiñados y superpuestos de personajes sin identificar, que debieron ser ilustres por la proximidad al sepulcro del santo.
Con la llegada de los árabes no cambió nada en aquel lugar y sus alrededores. Las tierras de las cuencas del Ebro y del Duero eran tierras de nadie, habitadas únicamente por ermitaños como Millán.
Su sepulcro se convirtió en lugar de peregrinaje al que acudían condes y reyes castellanos para encomendar sus batallas contra los musulmanes.
En el 923 resurge el monasterio después de la conquista de Nájera por Sancho III el Mayor, rey de Pamplona y lo habitan monjes mozárabes. Mozárabes del siglo X son también las dos capillas cuadradas y gemelas del interior.
En 984 sucederá la consagración de la iglesia mozárabe de San Millán de la Cogolla de Suso, construida en parte por mozárabes para ampliar la modesta estructura anterior y elaboración de los dos marfiles arábigo-andaluces con cenefas y animales, que allí se guardan. Los arcos de herradura marcan el límite de esta construcción. En uno de ellos, que da a la entrada a la iglesia hay dos capitales visigóticos de tipo corintio.
Destacaba ya Suso desde sus comienzos, en el aspecto cultural, por su flamante escritorio, del que salió una buena y rica colección de manuscritos y códices, entre los que destacan el Códice Emilianense de los Concilios, datado en 992; la Biblia de Quiso, que lleva data del 664, o una copia del Apocalipsis, de Beato de Liébana y con la letra del siglo VIII, lo que le hace ser uno de los principales escritorios, si no el más notable, de la Edad Media Española. Nos encontramos en el período tal vez de mayor esplendor del monasterio. Es el marco en el que va a surgir la que hoy es la más antigua manifestación escrita de la Lengua Española, así como del euskera.
En sucesivas ocasiones se fue ampliando hasta el siglo XI, de modo que en el templo se unen los estilos visigótico, mozárabe y románico.
En 1002, Almanzor dirige con 64 años, enfermo y en litera (no puede montar a caballo) su 56ª y última aceifa (campaña de verano). Dentro de ella quema el monasterio, en aquella época el santuario por excelencia para los castellanos y navarros, como Santiago lo era para los gallegos y leoneses. Morirá poco después.
La cueva central, que en los primeros tiempos sirvió de oratorio, estuvo enterrado San Millán hasta el año 1030 en el que Sancho III el Mayor y su mujer Muniadonna, con asistencia de los obispos de Pamplona, de Oca, de Alava y de Huesca, hicieron levantamiento solemne de las reliquias.
En el lugar de la sepultura se levantó, en el s. XII, el actual cenotafio (monumento funerario en el que no está el cadáver de la persona a quien se dedica), que representa a San Millán yacente con ropas sacerdotales visigóticas. El estilo de este monumento puede estar entre un románico avanzado y un gótico temprano.
Del actual monasterio de Suso, construido entre los siglos VI al XI, quedan pues vestigios importantes de los diversos momentos históricos por los que atravesó: las cuevas rupestres donde vivían los eremitas, el primitivo cenobio visigótico, la ampliación mozárabe y por último románica.
El acceso al monasterio se realiza a través del portaello, allí se encuentran las tumbas de los infantes de Lara y de su tutor Nuño acompañando a las tres reinas navarras.
Por el arco mozárabe con capiteles de alabastro que nos recuerda a la época califal cordobesa del siglo X decorados con dibujos con motivos vegetales y geométricos, nos adentramos en el monasterio mozárabe con tres grandes arcos de herradura. Al fondo observamos el resto de la primitiva construcción visigótica.
La cueva-sepulcral conserva la lauda del fundador de la segunda mitad del siglo XII, construida en alabastro negro y decorada con su escultura yacente, revestida con ropajes sacerdotales, alba, casulla y estola sobresaliendo una cruz labrada sobre su pecho con decoración de números y vegetales.
En la actualidad el Camino de Santiago a su paso por La Rioja se desvía hacia el monasterio de Yuso donde se encuentran los restos del Santo. Durante la Edad Media fue centro de poder político y cultural. De su importante escriptorio salieron los primeros testimonios escritos de romance español y del esukera, las glosas emilianenses. En la actualidad el Ministerio de Cultura es quien custodia el monasterio.