El Monasterio de Suso fue fundado por San Millán en el siglo V.
En 473 nace en Berceo, distante 2 km de San Millán. Hijo de un pastor, Millán ejerció ese oficio hasta la edad de veinte años, en que decide convertirse en asceta.
En el 493 acude a los riscos de Bilibio, en busca del anacoreta Felix, de quien recibe formación durante 3 años. Después de ese momento se dirige a San Millán.
El sitio escogido para su retiro ascético fue en medio de una exuberante vegetación, en la vertiente oriental de la sierra de la Demanda (montes Discercios o Cogollanos), que separa la meseta del valle del Ebro. Allí levantó altares.
Sabedor el obispo Didimo de Tarazona de sus virtudes, le nombró sacerdote de su villa natal, Berceo, cargo que ejerció durante tres años. Otros clérigos le acusaron de malgastar los bienes eclesiásticos, dada su generosidad con los menesterosos, por lo que se apartó a las cuevas de Aidillo, lugar donde se construiría más adelante el Monasterio de Suso. Rápidamente se le unieron otros clérigos. En la roca del monte excavó su propia celda y allí vivió como asceta hasta su muerte.
Cerca del año 550, siendo rey Atanagildo, excavaron nuevas cuevas, colocadas en dos pisos que estaban unidos por un pozo, donde habitaba Millán.
En 574 muere allí San Millán a los 101 años (supuestamente tras avisar inútilmente al senado cántabro de la inminente invasión de los visigodos) y su eremitorio y sepulcro dará origen a un foco de peregrinación que se consolidará como monasterio.
Con la llegada de los árabes no cambió nada en aquel lugar y sus alrededores. Las tierras de las cuencas del Ebro y del Duero eran tierras de nadie, habitadas únicamente por ermitaños como Millán.
Su sepulcro se convirtió en lugar de peregrinaje al que acudían condes y reyes castellanos para encomendar sus batallas contra los musulmanes.
En 931 está en construcción el monasterio mozárabe de San Millán de la Cogolla de Suso (La Rioja), ampliando el cenobio visigótico, que estaba limitado a 4 cuevas anexas.
En 959 sucede la consagración del monasterio mozárabe de San Millán de la Cogolla de Suso (La Rioja).
En 984 sucederá la consagración de la iglesia mozárabe de San Millán de la Cogolla de Suso (La Rioja), construida en parte por mozárabes para ampliar la modesta estructura anterior y elaboración de los dos marfiles arábigo-andaluces con cenefas y animales, que allí se guardan. Los arcos de herradura marcan el límite de esta construcción.
Aquí un monje escribió las glosas Emilianenses, que eran anotaciones aclaratorias en los márgenes de las páginas escritas en latín. Dichas anotaciones estaban escritas en romance o en un precastellano poco evolucionado respecto del latín. En este monasterio aparecen a su vez las primeras anotaciones escritas en euskera, por lo que se ha considerado la cuna de dichos romances hispanos y del euskera.
En el último cuarto del s. X se enmarca la tradición los 7 infantes de Lara. Según ella, los siete hermanos, hijos del noble Gonzalo Gustioz, fueron capturados por los musulmanes en una emboscada preparada por Ruy Velázquez, trasladados a Córdoba y decapitados. Los cadáveres se condujeron a Castilla y según una tradición no textual, fueron depositados en unos sepulcros pétreos que se ubicaron en el pórtico meridional del monasterio de San Millán de la Cogolla de Suso. De este modo, el monasterio fue también conocido como panteón de los siete héroes castellanos.
A partir del siglo X resurge el Monasterio de Suso.
Almanzor dirige con 64 años, enfermo y en litera (no puede montar a caballo) su 56ª y última aceifa (verano), por Córdoba, Calatrava, Toledo, Guadalajara, Sigüenza, Medinaceli y Clunia (hoy Coruña del Conde; Burgos) (donde hay una guarnición musulmana), quema el poblado de Revenga (Burgos) (será reconstruido por su propietario, el Mº de San Millán de la Cogolla, a quien se lo ha donado el conde Sancho García), ataca el reino de Pamplona, aliado de Castilla y ahora bajo regencia de dos mujeres, avanza por Canales de la Sierra (La Rioja) (a sólo 50 km de Nájera, la sede del reino) y quema el monasterio mozárabe de San Millán de la Cogolla de Suso (La Rioja), santuario por excelencia para los castellanos y navarros, como Santiago lo era para los gallegos y leoneses y emprende camino de Burgos, la capital de su odiado enemigo, pero su enfermedad se agrava y la expedición debe abortarse, retirándose perseguido por Sancho García.
En 1030 concluye la restauración y ampliación (dos cuerpos de dos arcos, ya románicos) del monasterio de San Millán de la Cogolla de Suso (La Rioja), destruido por Almanzor, con ocasión de la canonización de este santo. En el acta de traslación del cuerpo de San Millán (14 may) se dice de Sancho III: “…reinando en Nájera, en Castilla y en León, el rey de las Españas”.
En 1053 comienza la construcción del monasterio de San Millán de Yuso. Pero eso ya es orrta historia.