Aunque dentro del término de Briones (ermita de los Santos Mártires, situada a mitad de camino entre Gimileo y Briones) se han encontrado restos de un yacimiento lítico de la Edad del Bronce, el emplazamiento actual se identifica con los berones, de los que toma su nombre y suponía un emplazamiento en alto junto al Ebro, similar al del Monte Cantabria, próximo a Logroño.
La única referencia durante la época romana son restos arqueoógicos cerca de la ermita de la Concepción, en el denominado Camino Real.
Entre 714 y 715 es ocupada por las tropas musulmanas, en cuyo poder permanecerá hasta el s. IX. Ya en ese comento había presencia judía en Briones. Hay constancia de una importante presencia judía durante toda la Edad media.
Alfonso I de Asturias en 740 y siguiendo la ribera del Ebro, destruyó y taló los términos de Briones y otras seis poblaciones de la Rioja Alta. Poco después fue recuperada por los musulmanes.
En 923 es reconquistada definitivamente y conoce una primera repoblación cristiana, vascones en su mayoría. Pasa a ser gobernada por el reino de Pamplona.
En el verano de 991 tiene lugar la 36ª aceifa de Almanzor: conquista la ciudad de Briones y la arrasa. También ataca Nájera y Cenicero.
Fue de Navarra en tiempos de Sancho el Mayor, formando parte de la Tierra de Nájera, y se regía por su fuero (al menos entre los años 1000 y 1035), hasta 1076 en que fuera asesinado Sancho el de Peñalén. A raíz de esto, Alfonso VI de Castilla se apoderó de La Rioja desde Montes de Oca hasta el río Ebro, quedando Briones incorporada a la Corona de Castilla como villa fronteriza frente a Navarra, por su estratégica posición ribereña del Ebro. Briones pasó a ser Señorío de los de Haro.
Dominio navarro del Rey Ordoño II de León, desde principios del siglo X.
Fernando III el Santo nombró a Don Diego López III de Haro, sobrino del monarca, primer Señor de Briones, permaneciendo desde entonces el Señorío en el ámbito del Reino de Castilla, aunque a menudo envuelto en numerosos episodios bélicos con sus vecinos del Reino de Navarra. De esa época son las murallas y la torre del homenaje que se hundió en 1941.
En 1240 Don Diego López se reveló contra Fernando III y se refugió en Briones. El rey cercó la villa y lo hizo prisionero, destruyendo la fortaleza. A partir de entonces la villa fue realenga.
El 18 de enero de 1256, Alfonso X el Sabio le concedió el fuero de Vitoria, para garantizar la repoblación castellana ante las pretensiones Navarras.
En 1293, reunidas las Cortes en Valladolid por Sancho IV, se otorgaron varios privilegios reales, entre ellos el de Briones, que entonces comprendía las aldeas de Ollauri, Gimileo y Rodezno (hasta el s. XVIII).
Durante las guerras mantenidas por Enrique de Trastámara y Pedro I el cruel, Briones fue el señorío del hermano del Trastámara, Sancho, a quien el rebelde don Enrique le había concedido varias villas y lugares riojanos. Durante la batalla de Nájera librada en 1367, Don Sancho fue hecho prisionero por Pedro I y despojado de «Briones con todos sus lugares, aldeas y términos».
En 1369, Pedro I fue asesinado por su hermano y éste ocupó la corona castellana. El nuevo rey, Enrique II, confirmó ese mismo año el fuero y se instaló en esta villa para negociar con el rey Navarro Carlos II, el Malo, sobre sus diferencias territoriales. Sin embargo, la guerra castellano-navarra estalló en 1378 a causa de la alianza entre Ricardo II de Inglaterra y Carlos II. Los avances castellanos por tierras navarras forzaron a Carlos II a negociar la paz con Enrique II y para ello envió dos procuradores al campamento real castellano emplazado en Briones. La denominada paz de Briones fue firmada el 31 de Marzo de 1379.
En la época de vasconización de la Rioja había en Briones treinta apellidos vascos en 1536.
Cuando los franceses entraron en Briones el 30 de noviembre de 1807 tanto la iglesia como la ermita del Santo Cristo fueron saqueadas.
En 1836, durante la primera guerra carlista, la Brigada de Briones fue enviada por el general Luis Fernandez de Córdoba a cubrir la margen del Ebro para impedir el paso de los carlistas. En la última guerra carlista, Briones y Cenicero cayeron en manos de Eustaquio de Llorente el mes de noviembre de 1873 y fueron hechos prisioneros más de cincuenta brioneros que fueron trasladados a Laguardia.