No hay certeza absoluta, pero sí parece que ya en tiempo de los romanos había un puente de piedra en la localización actual. Aguas abajo comenzaba a ser navegable el río Ebro, desde la Vareia romana.
Parece ser que se trataba de un puente de seis arcos de medio punto, probablemente con dos torreones defensivos en los extremos.
En el Fuero de Logroño de 1095 se le nombra:
“Y si viniera algún hombre de más allá del río Ebro, que pidiera en juicio a algún poblador, que responda en su villa o en la cabeza del Puente de San Juan”.
Con las guerras y los años, en la Edad Media solo quedaban 2 de los seis arcos, llevándose a cabo varias reconstrucciones intentando conservar la forma de arcos con ligera ojiva originales romanos. Tenemos constancia de una de estas actuaciones en el s.XIV.
Unas fechas más tarde una gran avenida se llevó la mayor parte del antiguo puente y se llevó a cabo la edificación de uno nuevo, de 12 arcos y con tres torreones, uno central y otro a cada extremo, que perduró hasta el siglo XIX y que da origen al escudo de la ciudad.
En cuanto a los torreones, el primero, en la parte de Navarra, estaba en el estribo entre el tercer y cuarto ojo y era idéntico en construcción al tercero. El segundo, situado entre el séptimo y octavo ojo, permitía establecer una defensa de hasta 40 hombres desde tres ventanas o desde el adarve aspillerado superior. El tercer torreón unía la muralla con el puente en el duodécimo ojo.
En 1775 una gran riada que duró entre el 19 y el 21 de junio cubrió todo el puente, provocando el derrumbamiento del primer torreón.
En 1835, durante la primera guerra civil carlista, se cortó uno de los arcos y se sustituyó por un puente levadizo. El segundo torreón albergaba en su interior el sistema de poleas que movían las cadenas del puente levadizo de madera.
En 1850 se terminaron por derruir el resto de torres en ruinas.
Diversas obras menores condujeron a la construcción actual, de Fermín Manso de Zúñiga, datada de 1884, tras el derrumbe del antiguo puente en 1871. Consta de 7 arcos entre pilares cilíndricos.
En 1917 fue ampliado con andenes de hormigón armado a ambos lados para su utilización peatonal, ampliando así el espacio para el tráfico rodado.
