Hubo un tiempo, a caballo del primer al segundo milenio, que Nájera fue capital del reino de Navarra.
En 923 el rey pamplonés Sancho Garcés I, en colaboración con Ordoño II de León, conquista Nájera y la Rioja Media y Alta, que deja bajo dominio de su hijo García Sánchez con la denominación de Reino de Nájera.
Tras la destrucción de Pamplona por Abderramán III en el 924 y la muerte de su padre al año siguiente, García Sánchez traslada su residencia a Nájera, en detrimento de Pamplona. Se denomina desde entonces rey de Nájera-Pamplona. García Sánchez desarrolló una activa política de repoblación de los nuevos territorios y favoreció con cuantiosas donaciones a los monasterios de la zona, especialmente a San Millán de la Cogolla.
La misma política mantendrá durante los primeros años Sancho Garcés II (970 – 994), pero las campañas de Almanzor le obligarán, al igual que a su hijo García Sánchez II el Temblón (994 – 1004), a firmar capitulaciones y pagar tributos a Córdoba.
Sancho III fue el gran impulsor de la ciudad de Nájera, donde celebró Cortes y otorgó el famoso fuero de Nájera, origen de la legislación navarra y base del derecho nacional. Favoreció las peregrinaciones a Santiago de Compostela, estableciendo albergues y hospitales, y convirtiendo a la ciudad en punto clave de la ruta jacobea del Camino de Santiago.
Tras la muerte de Sancho III se reparte su Imperio entre sus hijos García el de Nájera, Fernando I de Castilla, Ramiro I de Aragón y Gonzalo Sánchez. Se convierte Nájera en cuna de los reinos de Navarra, Castilla y Aragón, y al primogénito, García Sánchez III (1035 – 1054), llamado el de Nájera por haber nacido y estar enterrado en la ciudad, le corresponden los territorios patrimoniales de Nájera y Pamplona, así como la hegemonía política sobre los demás.
García el de Nájera extendió sus dominios por la Rioja Baja al conquistar Calahorra a la taifa de Zaragoza; fundó el Monasterio de Santa María la Real como sede episcopal,y le dotó de numerosas propiedades. También creó la orden de caballería de la Jarra o de la Terraza, la primera de entre los reinos cristianos peninsulares; favoreció los escritorios monásticos de San Millán, Nájera y Albelda. Murió en la batalla de Atapuerca (Burgos) en lucha contra su hermano Fernando I de Castilla, en septiembre de 1054.
Le sucede Sancho IV el de Peñalén (1054- 1076), que culmina las obras de Santa María la Real. En 1067 se celebra en el monasterio el concilio en el que se acuerda la sustitución del rito mozárabe por el romano. Unido a su primo Sancho Ramírez de Aragón, hizo frente a los intentos anexionistas del rey de Castilla. En junio de 1076, Sancho IV es asesinado por su hermano Ramón en Peñalén, actual Funes. Los conflictos que provoca este acontecimiento desembocan en la división del reino. La parte navarra quedó anexionada al Reino de Aragón.
Se pone fin de este modo al llamado «Reino de Nájera». Poco después, Nájera, Calahorra y otros lugares fronterizos fueron incorporadas al reino de Castilla por Alfonso VI de León, que alegaba derechos hereditarios y la tuvo Diego López I de Haro hasta 1113 en que Alfonso I de Aragón, esposo de Urraca I desposee a éste de la tenencia de Nájera y pone en su lugar a Fortún Garcés Cajal, que la tendrá entre 1113 y la muerte del rey de Aragón.