Nájera es reconquistada a los musulmanes en el 923. Hasta ese momento, más que un pueblo, era en nomenclatura musulmana un “hisn”, término que se podría traducir como castillo o posición fortificada, dirigida por un “walı”, desde donde se controlaba un pequeño territorio (“iqlım”) de la Marca Superior de Al-Andalus (“T-agr-al-a`là”).
Es el rey asturleonés Ordoño II, junto con tropas castellanas y dentro de una alianza con el rey navarro Sancho Garcés I, que ese mismo año conquistaría Viguera y Arnedo. Sin embargo, el leonés se casa con una hija del navarro, doña Sancha, y el navarro incorpora a su reino, cedidos por aquél, los derechos a las tierras riojanas.
En 924 Abderramán III lleva a cabo una ambiciosa campaña y llega incluso a saquear Pamplona en julio. La consecuencia es el traslado de la corte a Nájera.
Los sucesores en el reino de Pamplona, García Sánchez (925-970), Sancho Garcés II Abarca (970-994) y Sancho III el Mayor (1004-1035) establecieron su morada permanente en Nájera.
Los primeros actos del reinado de Sancho III tienden a robustecer el dominio de Nájera ya que Castilla no había dejado de reivindicar la región, cuestión que originó roces fronterizos en más de una ocasión y que terminaron en la concordia del año 1016 formada por los representantes de Sancho III el Mayor y el conde don Sancho. En esta delimitación se partió como primer mojón, de la cumbre de San Millán, pasando por los altos de Valvanera, sierra que quedó incluida en Castilla, para seguir cerca de Ortigosa y adentrarse en las tierras de Soria, hasta Garray. Ciertamente que Nájera, Castillo de Leza, fue su residencia habitual, donde nacieron algunos de sus hijos, habitando con su familia en el castillo de la misma, inició las obras de la antigua Abadía de Santa María la Real, rectificó el trayecto del antiguo Camino de Santiago, trazándolo desde Pamplona por EsteIla, Logroño, para pasar por Nájera y continuar por Santo Domingo, y como acto que evidenciaba la importancia que concedía a Nájera, en dicha ciudad, ya solicitud de los hidalgos de la misma, representando a todos los estados de la población, les otorgó sus célebres fueros, por medio de un solemne Bando Real, ratificando así los usos y costumbres que, en forma de derecho consuetudinario, venía regulando su vida y relación y su régimen municipal».
El hijo de este último, Don García Sánchez III el de Nájera conquistó definitivamente Calahorra en el año 1045.
El sucesor, Sancho Garcés IV el Noble o el de Perialén (1054-1076) tuvo que hacer frente a los intentos castellanos de invadir La Rioja por su parte occidental. Estos enfrentamientos (Guerra de los Tres Sanchos), terminaron con la anexión de Sancho II de Castilla de los territorios de Pancorbo, Cerezo, Grañón y Pazuengos». El asesinato de Sancho el de Peñalén en el barranco del mismo nombre —despoblado entre Funes y Villafranca— por una conjura urdida por sus hermanos Ramón y Ermesinda, cambió el destino de este reino que pasará ahora a manos de Castilla y Aragón: Sancho Ramírez de Aragón se anexiona la zona este (Pamplona), unificando el reino de Pamplona y el de Aragón; Alfonso VI de Castilla ocupa la zona occidental (Nájera), por lo que La Rioja y la Provincias Vascongadas entran en la órbita castellana en 1076, cumpliéndose así su sueño de dominio de la parte oriental de la Meseta. El reino de Nájera será ahora considerado como un territorio más dentro de la corona de Castilla, aunque organizado como condado de Nájera -Grañón – Calahorra – Arnedo.
Fin de Nájera como capital del reino.