De antiguo la zona estuvo poblada por berones. Durante la romanización de la península, se sabe de la existencia de «Castrum Bilibium», en las Conchas sobre el Ebro, frente a Salinillas de Buradón, en la ladera norte de los riscos de Bilibio.
La zona es reconquistada en 923.
Cerca del siglo X los pobladores de Bilibio construyeron una torre de fuego o faro sobre el actual cerro de la Mota o Atalaya con el objetivo de alumbrar la desembocadura del río Tirón en el Ebro, ya que esta zona era navegable.
La actual zona de la Atalaya congregaría una pequeña población cristiana, mientras que en la zona de la Vega existía un poblado morisco con algunos cristianos junto al santuario.
Diferentes calamidades ocurrieron en la zona de Bilibio que les llevó a ir trasladándose progresivamente a un lugar más seguro y accesible. De esa forma se fue formando el poblado conocido como Pharo en las faldas del cerro en el que se asentaba el faro, trasmitiendo sus usos, costumbres, tradiciones (como la honra a San Felices), glorias y bienes.
La primera alusión a Haro como Faro data del 28 de mayo de 1040, en un documento del rey navarro García Sánchez III de Navarra «el de Nájera» en el que donaba a su esposa Estefanía de Foix, mediante la carta de arras, «Bilibio cum Faro et cum sua pertinencia». Según éste documento parece que Haro todavía se encontraba supeditado a Bilibio.
Otras escrituras de la época citan lugares próximos a Faro. Motulleri en 1062, Tondon en 1072, a Faro de nuevo en 1075. También se citan Jimileo, Zaballa, Villalba, lo cual parece indicar la existencia de múltiples caseríos esparcidos por todo el valle del Oja-Tirón, muchos de ellos hoy desaparecidos.
El nombre evolucionaría, como el castellano, transformándose en Haro.
A lo largo de la Edad Media fue quedando Bilibio primero deshabitado y con el tiempo abandonado, al igual que otros poblados cercanos como Atamauri y Tondón. Los moradores de estos lugares se fueron mayoritariamente a Haro.